В результате военных действий во время Северной войны русские войска 1 мая 1703 года захватили шведскую крепость Ниеншанц при впадении Охты в Неву. Первоначальный план строить город-крепость на месте шведской крепости был отвергнут, так как она не имела естественных рубежей, не была ограждена водой со всех сторон и расположена далеко от моря. В результате недолгих поисков у разветвления Невы на два больших рукава был найден подходящий остров. Небольшие размеры давали ряд преимуществ при постройке крепости. Противник не смог бы закрепиться на острове, в то же время орудия крепости могли держать под контролем движение по Неве неприятельских судов, расстреливая их чуть ли не в упор. Со стороны ближайшего Берёзового острова крепость была труднодоступна из-за почти непроходимых болот.

Крепость была заложена 16 (27) мая 1703 года по инициативе самого Петра I. Именно с основания Крепости начинается история города Санкт-Петербург.